‌سریال اختلاف‌های اصولگرایان که پیش از انتخابات بر سر لیست و سرلیستی شروع شده بود، بعد از انتخابات به انتخاب رئیس مجلس یازدهم رسید، اما در همان نقطه متوقف نشد و سپس هیئت‌رئیسه را هم در‌بر گرفت؛ تا جایی که دلخوری‌ها از نحوه انتخاب و چینش رؤسای کمیسیون‌ها بابت دخالت هیئت‌رئیسه، همان اوایل حتی بحث استیضاح هیئت‌رئیسه را هم پیش کشید. این اختلاف‌ها گویا مانند آتش زیر خاکستر باقی ماند و نشانه‌ها و پس‌لرزه‌هایش همچنان ادامه دارد. عمده اختلاف نیز بین تیم قالیباف و تیم جبهه پایداری و نزدیکانشان است. پایداری‌ها از همان ابتدا تمایلی به حضور قالیباف در فهرست اصولگرایان نداشتند، بعد هم برایش پیش‌شرط گذاشتند که در‌صورتی‌که بخواهد رئیس مجلس شود، باید عطای ریاست‌جمهوری را به لقایش ببخشد. پس از آن بود که قالیباف دیگر در جلسات وفاق اصولگرایان شرکت نکرد. آقا‌تهرانی، دبیرکل جبهه پایداری و رئیس فعلی کمیسیون فرهنگی مجلس، همان زمان گفته بود که یاران و طرفداران قالیباف که می‌دانند او چرا در جلسات شرکت نمی‌کند، برای فرافکنی موضوع کذب دعوت‌نکردن از ایشان را مطرح می‌کنند. به‌جز جبهه پایداری، برخی تک‌چهره‌ها هم در مجلس با قالیباف زاویه دارند. مورد مصطفی میرسلیم که در این چند‌ماهه بارها از وضعیت مجلس گلایه کرده و حتی علیه رئیس آن حرف زده و او را متهم به این کرده که با اعطای رشوه مانع به‌سرانجام‌رسیدن طرح تحقیق‌و‌تفحص از شهرداری زمان خودش شده است، شاخص‌ترین آنهاست؛ تا جایی که در نهایت منجر به شکایت قالیباف از او شد.‌محمد مهاجری، فعال سیاسی اصولگرا، پیش‌تر در یادداشتی مخالفان قالیباف را به سه دسته تقسیم کرده بود: «گروه نخست پایداریچی‌ها هستند. دلیل مخالفت آنان ابدا تفکر سیاسی یا ایدئولوژیک نیست. پایداریچی‌ها به‌شدت نگران‌ هستند که با ورود به مجلس، رئیس از خودشان نباشد و با همه تخریب‌هایی که علیه این و آن می‌کنند تا رأیی به دست آورند، پست تپل ریاست مجلس به چنگشان نیاید. گروه دوم را احمدی‌نژادی‌ها تشکیل می‌دهند. آنها با هر اسمی (ولو اسم بی‌مسمای عدالتخواه) برایشان مهم نیست که قالیباف تخلفی داشته یا نه. آنها با بزرگ‌نمایی تخلفات دیگران به دنبال آن هستند که پرونده فاسدترین دولت تاریخ ایران رو نیاید و معلوم نشود 600، 700 میلیارد دلار درآمد نفتی کشور به کدام چاه و خندقی روانه شده است. گروه سوم دلسوزان کشور و انقلاب هستند و بدون آنکه قصد مچ‌گیری داشته باشند، نگران مجلس آینده‌اند و نمی‌خواهند مجلس یازدهم با انگ تخلف (یا خدای‌ناکرده فساد) بر پیشانی‌اش متولد شود».‌‌گرچه این تحلیلگر اصولگرا در گفته‌ای دیگر مدعی شده است: اکنون آنچه مشاهده می‌شود این است که دعواها و اختلاف‌های شدیدی بین قالیبافی‌ها و پایداری‌ها وجود دارد و نیروهای پایداری به‌شدت با قالیباف مخالف هستند و قالیباف و نزدیکانش هم به‌شدت با رأی‌آوردن نیروی پایداری مقابله می‌کنند، اما من قدری فراتر از این دعواهای ظاهری به موضوع نگاه می‌کنم و می‌گویم که این دو در نهایت با هم کنار می‌آیند؛ همان‌طور که قالیباف در مجلس در نهایت در برابر پایداری عقب‌نشینی کرد».‌روزنامه اعتماد نوشته بود که مدیریت سایت خانه ملت و هیئت مرکزی نظارت بر انتخابات شوراهای اسلامی شهر و روستا نیز این روزها به یکی از کلیدواژه‌های اصلی اختلاف میان اعضای جبهه پایداری‌ و نواصولگرایان یا همان یاران محمدباقر قالیباف در مجلس تبدیل شده است. حتی گفته می‌شود که معاون اجرائی مجلس یازدهم که تا همین چندی‌پیش سردار «حمید اصلانی» بود، بی‌سر‌و‌صدا از سوی قالیباف تغییر کرده است. قالیباف بدون سروصدا مهدی ذاکر را هم که زمان شهرداری قالیباف مدیرعامل مؤسسه همشهری بود، به‌عنوان مدیرکل نیروی انسانی مجلس منصوب کرده است. این درست شبیه اتفاقی است که برای محمود احمدی‌نژاد افتاد؛ او هم وقتی به قدرت رسید، کم‌کم اصولگرایانی را که به کابینه او تحمیل شده بودند، کنار گذاشت.‌نمایندگان مجلس بر سر دور‌زدن و کنار‌گذاشتن مجلس از تصمیمات مهم، به‌ویژه از عملکرد شورای هماهنگی اقتصادی سران قوا، از قالیباف گلایه‌مند بودند. یکی از نمایندگان در تلویزیون خطاب به قالیباف گفته بود که او باید در هفته هفت روز کار کند، نه دو روز. یک عضو کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها هم با انتقاد از تضعیف جایگاه مجلس، خواستار بازگشت مجلس به رأس امور شد. محمدرضا صباغیان در اخطاری با استناد به اصل ۷۱ و ۷۴ قانون اساسی در جلسه علنی روز پنجشنبه مجلس خطاب به رئیس مجلس بیان کرد: «امام فرمودند که مجلس در رأس امور است و قانون اساسی نیز این را می‌گوید. اما امروز متأسفانه نه‌تنها مجلس در رأس امور نیست، بلکه در پایین امور نیز قرار ندارد». وی با انتقاد از عملکرد شورای اقتصادی قوا و دولت در ادامه اظهار کرد: امروز ستاد کرونا برای کل کشور و حتی مجلس نیز تصمیم می‌گیرد و می‌گوید مجلس باید تعطیل شود، در‌حالی‌که یک نفر از مجلس در این ستاد ملی حضور ندارد. این توهین به مجلس است و شما باید از جایگاه مجلس دفاع کنید. انتظار داریم یک بار به حضور مقام معظم رهبری برسید و بگویید که چیزی از مجلس جز یک ساختمان با ۲۹۰ آدم باقی نمانده است. رئیس مجلس شورای اسلامی نیز در پاسخ به تذکر وی بیان کرد: «الفاظی که شما در تذکر خود به کار بردید، درست نیست. مجلس پابرجاست و به وظایف قانونی خود عمل می‌کند. درخصوص اشکالی که در بحث کرونا فرمودید، در صحن بحث شد و شما به علت کسالت حضور نداشتید. این نقص وجود دارد و مجلس باید در ستاد ملی کرونا نماینده داشته باشد. مکاتبات آن نیز انجام شده است، اما نباید به این شکل به مجلس توهین شود».