شجاع خلیل‌زاده بدون شک یک مهره تعیین‌کننده در خط دفاعی تیم ملی ایران محسوب می‌شود. او در زمان مربیگری کارلوس کی‌روش با وجود بازی‌های خوبی که برای پرسپولیس انجام می‌داد، مدت‌ها در حسرت پوشیدن پیراهن تیم ملی بود ولی بعد از جدایی این مربی پرتغالی شرایط برای شجاع تغییر کرد. نکته مهم اینجاست که دراگان اسکوچیچ اعتقاد ویژه‌ای به این بازیکن دارد و تیم ملی هم در ۹بازی اخیرش در ۷ بازی گلی دریافت نکرده است. شجاع در مصاحبه با همشهری درباره عدم دعوتش به تیم ملی در دوران کی روش گفت: در پاسپورت من ویزای برزیل خورد و این حق من بود که به جام جهانی بروم ولی کی‌روش سر لجبازی با کرانچار و سپاهان درنهایت مرا خط زد. من هیچ وقت علیه تیم ملی صحبت نکردم و قسم می‌خورم که اگر الان هم در تیم ملی نباشم برای ایران آرزوی موفقیت دارم چون اگر تیم ملی موفق باشد، پرچم ایران بالا می‌رود. الان هم خدا را شکر می‌کنم که در خدمت تیم ملی هستم و با تمام توان بازی می‌کنم. تا زمانی که مثمرثمر باشم در خدمت تیم ملی خواهم بود و اگر هم سرمربی تیم ملی احساس کند که به درد این تیم نمی‌خورم قطعا برای موفقیت تیم ملی دعا می‌کنم.
بهتر از تو بود.و دلیلی نداشت تو رو دعوت کنه