احمدی‌نژاد با استناد به ماده ۵۳ قانون برنامه پنجم توسعه، پروژه کاهش تعداد وزارتخانه‌های کشور را آغاز کرد. بر اساس این قانون، باید تعداد وزارتخانه‌ها از ۲۱ مورد به ۱۷ وزارتخانه کاهش می‌یافت اما نمایندگان مجلس اعتراض و تذکرهای پی‌درپی به اقدام تازه دولت دادند و آن را غیرقانونی اعلام کردند زیرا طبق قانون، ابتدا باید این تصمیم در قالب لایحهٔ دولت به تصویب مجلس می‌رسید سپس ادغام صورت می‌گرفت.
احمدی‌نژاد در واکنش به انتقادات رئیس مجلس و نمایندگان اظهار کرد: «رئیس محترم مجلس ظاهراً فکر می‌کنند عین قانون هستند که این تصور درستی نیست و باید توجه داشت که نباید فضای کشور را بی‌جهت آلوده و مشوش کرد. برخی‌ها تصور می‌کنند که آنها صاحب‌کار هستند و دولت کارگر آنان است ولی بهتر است مجلس محترم وظایف خود را انجام دهد و اجازه دهند قوه مجریه نیز وظیفه‌اش را بر اساس قانون انجام دهد تا بار سنگین ساختن و اداره کشور به مقصد برسد.»
این اختلاف به شورای نگهبان کشید و اعضای این شورا با تفسیر اصل ۱۳۳ قانون اساسی، نظر مجلس را تأیید کردند و گفتند که ادغام وزارتخانه‌ها باید با تصویب مجلس باشد و وزرا هم رأی اعتماد بگیرند.
بعدها مقام معظم رهبری از این ادغام عجولانهٔ احمدی‌نژاد در وزارتخانه‌های صنایع و بازرگانی انتقاد کردند: «یکی از کارهای عجیب‌وغریبی که برای بنده هم تا آخر معلوم نشد که چرا این کار انجام گرفت، همراه کردن وزارت بازرگانی با وزارت صنایع و معادن بود؛ یعنی واقعاً هنوز هم برای من حل نشده است. آن روز هم که این کار را انجام می‌دادند برای من روشن نبود که چرا دارند انجام می‌دهند این کار را. خب، مسئولین مجلس و دولت تشخیص داده بودند و انجام دادند.»
مجلس قبل هم اشتباهات زیادی داشت . نمونه اش برجام بیست دقیقه ای